может я чего не понял, но найти надо повторяющуюся комбинацию из 5 символов. значит если символов 1000 то вариантов получится 1000-5= 995. и всего 4975 операция сравнения. ну 4995 если брать и с конца массива плавно переходить на начало (997-й, 998-й, 999-й, 1000-й, 1-й). а теперь можно еще взять и создать строковую переменную и в нее плюсовать 5 символов, которые нужно сравнить, чтобы повысить производительность. (это третий способ)
а если 5 символов которые нужно сравнивать с первыми 5 могут стоять не рядом, то тогда еще проще.