При каких ссылках конкретно не срабатывает, при всех?
Выглядят rewrite'ы грустно на самом деле, как буд-то кто-то писал endpoint'ы не думая..
Да и так понимаю ты сервишь всякие ресурсы и файлы используя php?
Если там скрипт тупо выдаёт файлы, то в разы лучше посмотреть в сторону try_files директивы в nginx, чтобы избежать не нужного стрима данных через php сокеты, что нагружает CPU и RAM зазря.
Также упрости:
rewrite /([0-9]+)/Web\.swf$ /$2?Web.swf last;