Я часто пользуюсь Partition Magic (на разных своих компах) и никогда ничего нештатного не происходило. Другое дело, что я не сторонник Windows восстанавливат. Удалил старый раздел, создал новый, отформатировал его (в Partition Magic). И новый Windows на новый диск.
И напоследок: надо смотреть, какой пункт нажимаешь!