Пардон, наврал. Сам еще только изучаю Блендер.
Горячие клавиши не записываются в пользовательские *.blend - файлы. Только в startup.blend. При этом расположение и размер окон сохраняется и там и там в Screen Layout'ы. В общем, много тут тонкостей, однако.
Работая впятером, у каждого будут свои горячие клавиши, а расположение окон можно сделать индивидуальным, создав свой Screen Layout.