Понятно от себя добавлю, что можно например написать в блокноте wsh скрипт который будет компилировать, переименовать и т.д. с помощью симуляции нажатия клавиш клавиатуры.
Правда это не совсем надежно, т.к. скрипт может потерять фокус окна.
Зато не нужно возиться командной строкой.
Скрипт на Java (.js) который запускает пункт меню build and run
var wsh=WScript.CreateObject("WScript.Shell");
WScript.Sleep("500");
wsh.AppActivate("Unity");
WScript.Sleep("500");
// Open menu File
wsh.SendKeys("%F");
WScript.Sleep("500");
// launch build and run
wsh.SendKeys("bb{ENTER}");