Естественно логика на php для получения числа людей онлайн (коннект к дб и т.п), должна быть в начале, а использовать можно где хочешь в хтмл, и как хочешь.
<div>Users Online: <?php echo $usersOnlice; ?></div>
ЗЫ, учитывай, что если ты просмотришь в броузери Исходник страницы, естественно пхп логики ты там не найдешь, т.к. она исполняется на сервере, и тебе выводится только результат (то что нужно только броузеру).