Есть два способа:
npm - если твоя либа в репе, то тупо: 'npm install gl-matrix';
Это скачает и поставит её как либо (делай находясь в директории главного исполняемого файла).
Затем в коде (скорее всего):
var mat4 = require('mat4').mat4;
Второй способ самому пихнуть класс в exports и также заинклудить (require).
Причина по которой нету тупого инклуда очевидна - это не PHP тебе, и компиляции тут тоже нету.
Модули загружаются, и могут выгружаться, есть куча зависимостей разных модулей и т.п. следственно нужна дельная система, со своим scope'ом чтобы не ломать другие модули и приложения, например объявляя глобальные переменные (конфликты).
Тем более ты когда для себя откроешь npm по полной - это же сказка.
Никакой парилки скачивать не нада, тупо 'npm install blah' и всё.