[pax]

Если бы твоя сетка строилась бы отдельными квадами, у которых центр был бы в центре ячеек сетки, то все отрисовалось бы хорошо. Отрисовка прозрачной геометрии всегда большая проблема. И это фича не только юнити. Сортировка полигонов Меша по расстоянию до камеры - это ресурсоемкая задача и не надо ждать от движков чудес, что они такое делают по умолчанию.