Помоему так:
<jdkpath>bin\javac.exe -extdirs <libpath> -d <destpath> -sourcepath <srcfile.java>
<> не ставить.
<jdkpath>-путь к папке с jdk(например jdk1.4 в папке wtk)
<libpath>-путь к подключаемым библиотекам java
<destpath>-папка назначения-можно не указывать
<srcfile.java>-имя исходного файла.
А вообще вот небольшая программка.
Нужно указать 1 раз в файле Compiler.ini путь к папкам.
Далее запускаешь и указываешь путь к папке с исходниками и папку назначения. Дальше жмешь "Компиляция" и прога перекомпилит все что есть в папке.