Думаю этот вопрос лучше задавать тут:
http://forum.boolean.name/forumdisplay.php?f=21
ЗЫ: я не изучал вопрос по реализации графов, но вот в Юнити для графов в Меканим написана такая dll: UnityEditor.Graphs.dll
Посмотри - может просто ее можно использовать.