Вообще я руководствовался вот этой статьей
http://unity3d.com/support/documenta...l/Plugins.html
Но читал давно, перечитал, ничего не нашел про managed dll ... странно... но мы давно используем структуру папок примерно такую:
[Assets]/[Имя плагина]/[Plugins]/[рантайм dll]
[Assets]/[Имя плагина]/[Plugins]/[Editor]/[Editor dll]