[YellowAfterlife]

Хранить списки объектов для прорисовки разбитые по глубинам (в данном случае - видимом Y клеток).
То есть при передвижении объекта проверяется, не перешел ли он на новую "глубину", и если так, то он перебрасывается в нужный список либо сразу, либо в конце кадра (тогда добавляется "список заданий" смены глубины объектов).
В JavaScript-"каркасе" (движке) Tululoo такой принцип используется для общей организации сортировки по глубине.
Так как исходный код JS части "открыт", и имеет нехитрые условия использования, ничто не мешает с ним ознакомится.