[Nex]

Я делал (и многие на тытубе так же) путем создания пустых объектов в канвасе и расстановки в них элементов для каждого окна (меню, настройки, etc). Это несколько не удобно, но за то всего один канвас. А дальше просто включай/выключай нужные/не нужные окна.
Не удобно потому что сразу все включенные окна создают кашу в редакторе, но если принудительно рукой выключить, то будет не возможно через код найти их. Нужно будет опять же принудительно в редакторе указывать ссылки.