Я обычно так делаю в похожих ситуациях.
Допустим, каждое окошко должно пройти определённую обработку JavaScript'ом (например, на каждый input навесить какое-то событие).
Окошки грузятся ajax'ом, их может быть сколько угодно.
Я создаю функцию типа такой, которая будет эту обработку выполнять:
function processAjaxBlock(el)
{
el.find('input').click(function(){alert($(this).attr('name')+' здраститя!');});
}
Ну а дальше в коллбэке об успешной подгрузке ajax'а свежесозданный блок прогоняю через эту функцию:
(предполагается, что пыха высирает json с вёрсточкой в поле html)
$.ajax({url: '/mySuperWindowGenerator.php', dataType:'json'}).success(function(data){
var newBlock = $(data.html);
newBlock .appendTo($('body'));
processAjaxBlock(newBlock);
});
Использую jQuery, если что. Писал по памяти, возможны косячки в коде, но, надеюсь, суть ясна.
Слухи о небезопасности eval на javascript'е (при пряморуком использовании) сильно преувеличены.