[moka]

Веб сервером перенаправляешь все запросы на один index.php, преобразовывая путь в аргументы, далее тебе router - нормальная библиотека для нахождения путей исходя из числа и типа аргументов.
Далее router'ом направляться будет на отдельный файл/контроллер, "направляться" имеется ввиду он будет include'иться, а в нём уже include'ишь только то что нужно.
Всё писать в одном файле - лажа, это нифига не удобно, тупо и нифига не "управляемо" с точки зрения технического дизайна.

Вообще правил нет, пиши как думаешь правильно, думай своими мозгами. Ошибайся и учись, не надейся что тебе придут и ответят, или покажут пальцем куда идти, т.к. ты сам нифига не научишься.

Так например народ приходит и сразу MVC или его подобных выродков, везде суёт, и нифига не понимает что как и почему, просто потому что ему "сказали так".

Ты коди главное, и меньше болтать и по форумам бегать. Только своим трудом кодингом, научишься кодить.

Или ваще node.js + express + hogan бери, лол.