Иногда шабашу, делая
говно-сайты. Фреймворки изучать лениво, поскольку повсеместное использование ООП для меня странновато.
Шаблонизаторы: Smarty, Twig. Второй более быстрый, защищенный и видимо простой, минус - документация говно.
Структура обычно такая:
index.php. В нем огромный case с множеством вложенных case (сначала разбивка по типу страницы, потом по действию). Внутри case вызываются процедуры, описанные в отдельных файлах (по сущностям).
По файлам примерно так
include/.. - папка с либами + небольшие .inc файлы, подключающие эти либы
templates/.. - папка для шаблонов (Smarty/Twig)
temp/.. - говнопапка для всяких загрузок
images/.. - папка для картинок
modules/.. - папка для реализации по сущностям
index.php - основной файл.
P.S. Ух, срань драконья, это ж некрофелия!