Я из кусков твоей программы сделал тестовую программу в которой поочередно вращаются маленькие кубики.
Вот это исправление загрузит кубики правильно:
Function FindAllKubes(mesh)
Local temp
For i=1 To 26
temp=FindChild(mesh, "Box"+i) ;ищем кубик
EntityParent(temp, 0) ;отсоединяем
cubes(i)=CreatePivot();Создаем центр для кубика
;Ставим туда где должен быть центр
PositionEntity cubes(i), EntityX(temp), EntityY(temp)+10, EntityZ(temp)
EntityParent(temp, cubes(i)) ;подсоединяем кубик
Next
End Function