Вручную создал все нужное в реестре. Конфигурация заработала.
По запуску: MPExt получает %JAR%, а эмулятору WTK нужен %JAD%, а он запускается из MPExt и похоже последний не понимает этого. Т.е. файлы он патчит, ресурсы добавляет и т.д., а вот сам эмулятор не запускается.
Чертовщина какая-то