При сборке почти ни одного файла инклуда не находит. Думаю, из-за этого
Compiling...
WIN32
c1xx : fatal error C1083: Cannot open source file: 'WIN32': No such file or directory
CoreMain.cpp
jeMemoryManager.cpp
Project : warning PRJ0018 : The following environment variables were not found:
$(JE_PATH_BOOST)
$(JE_PATH_LIB_BOOST)
Не догнал, где ты эти переменные регистрируешь.