[ViNT]

В общем, предлагаю такой вариант:
Пишем программу на Delphi которая:
-при запуске с параметром типа -jar project.jar выполняет с указанным файлом действия, предусмотренные конфигурацией, хранящейся в папке проекта(о конфигурации ниже); если присутствует параметр -run:true, проект запускается после модификации;
-при запуске с параметром -setup открывается окно конфигурации, в котором можно указать:
-копировать дополнительные ресурсы или нет;
-заменить ли классы мидлета пропатченными;
-какие параметры следует изменить/добавить в MANIFEST.MF и JAD;
-какую коммандную строку эмулятора использовать при запуске;
-возможно еще что-то, предлагайте.
Конфигурация будет сохраняться в INI-файле в папке проекта.

При установке программа будет создавать 3 конфигурации эмулятора:
-для модификации мидлета;
-для модификации и запуска мидлета;
-для изменения конфигурации;
(концы в реестре уже нашел, как добавлять эмуляторы разобрался)

Реализовать все это(качественно) смогу в течение нескольких дней.