Еще вариант - найти все работающие объекты и выключить, а потом включить.
MonoBehaviour[] mbs = FindObjectsOfType(typeof(MonoBehaviour)) as MonoBehaviour[];
foreach (var mb in mbs) {
mb.enabled = false;
}
Вероятно понадобится более сложная логика, например запомнить что отключили, а потом включить только что было отключено. Еще вероятнее, что надо будет отключить не только скрипты, а например еще и физические тела. Физические для физических тел нужно будет запомнить скорости движения и вращения и перевести RigidBody в Is Kinematic = true например. Либо не отключать физические тела, а
останавливать течение времени.