Забыл сказать на последок: не забываем сохранять сцены, если они Вам еще понадобятся
Теперь по поводу JS скриптов.
Работа данных скриптов не медленнее, не смотря на то что язык - JS. Эти скрипты так же компилируются и выполняются.
Основное отличие JS скриптов от C# - нет необходимости в базовом классе. Все публичные переменные пишутся вне функций, код вне функций выполняется во время инициализации компонентов, так же можно использовать все функции, подхватываемые рефлектором в наследниках класса MonoBehaviour.
В одном проекте могут быть скрипты всех трех поддерживаемых языков. Третий язык - это Boo - аналог питона (Python). Данный язык прост на синтаксис, но с особенностями (например отсутствие операторных скобок), менее распространен.