Если эта программа не использует для работы с мышкой
DirectX® ( к примеру игры), то легко отлавливается при помощи
GetAsyncKeyState_(#VK_LBUTTON)
GetAsyncKeyState_(#VK_RBUTTON)
Так же и координаты мышки через API
GetCursorPos
Вполне решаемо без хуков.