очень может быть, что это действительно одна и та же программа
надо сравнить версии и даты релизоов, чтобы понять, что было раньше, что потом. возможно, платность одной из них объясняется именно наличием GUI, а консольная, как менее понятная, бесплатна. а вот лучшее сжатие может объясняться как банально (по умолчанию настройки другие), так и действительно улучшенным алгоритмом.
в любом случае - нафик фотошопы, pngout рулит!