Проще всего сделать через .bat-файл и 7zip.
Запускать так: go.bat название_мидлета.jar
Соответственно, в текущей папке должны лежать "правильные" классы S.class и т.п.
@rem --------------------------------------------- Обновление архива мидлета
7z d %1 FW.class S.class SM.class
7z u -mx9 %1 FW.class S.class SM.class
Есть ещё другие варианты, можно прикрутить перепаковку архива для уменьшения размера, обфускацию, замену ресурсных файлов и т.п.
Всё это делается в обычном bat-файле и при необходимости ещё немного с использованием скриптов.