unitypackage это формат архива для переноса ассетов из проекта в проект. Это не внутренний формат моделей или чего-то ещё.
Unity может хранить в проекте и использовать почти все существующие (распространённые) форматы исходников. Вот тут списочек можно поглядеть :
http://unity3d.com/unity/editor/importing