Вот тут ребята говорят, что если тема была установлена после вызова super.onCreate у активити, то нужно либо перезапустить активити, либо вызвать метод
recreate() после setTheme().
И предупреждают, что если у тебя несколько активити, то для получения эффекта нужно перезапустить их все.