forum.boolean.name - Какая система контроля версий лучше (Battle!)

Я использую git в NetBeans, команды встроены в IDE - удобно.

Была однажды проблема: сначала у меня была папка с ресурсами, затем я её запаковал в 1 файл, название сделал такое же как у прежней папки.
При возврате на предыдущее состояние возник конфликт, который я объясняю тем, что винда не терпит в одном месте файл и папку с одинаковым именем - значит git сначала попытался скопировать прежнюю папку и не смог, но при этом удалил пак-файл.
В итоге ни папки ни пака - заново делал.
Может я что-то сделал не так, тогда только начал использовать git, но хз. После этого случая некоторое время перед checkout'ами делал копию папки .git - мало ли чё! :)

ПС1: Мне нравится возможность задать тэг (tag) для текущего состояния, свои релизы помечаю тегами.

ПС2: Проверил только что на тестовом проекте случай с одноимёнными файлом и папкой.
1. создал папку, сделал commit, сделал тэг для текущего состояния
2. удалил папку, положил файл с именем папки, сделал commit
3. сделал checkout первого commit'a по тегу
4. увидел свою папку из первого commit'a, обрадовался что всё работает
5. сделал checkout второго commit'a
6. не увидел свой файл, огорчился
7. снова сделал checkout первого commit'a
8. не увидел папку. опечалился
Выходит, теперь у меня нет ни файла ни папки, сколько не прыгай по commit'ам.

Мне git ничего не сказал про невозможность копирования или ещё что-то в этом роде, и лог без ошибок.

Если есть решение, то поделитесь.

ПС3: использую git не в команде, для себя, чтобы было удобно прыгать на любой публичный релиз и параллельно пилить новую версию.