Скорей всего, заражен один из исполняемых системный файлов... Например, Explorer.exe, svchost.exe или что-нибудь более экзотичное, но такое же основное. Первая мысль - просто тупо заменить эти файлы в винде на частые.
Но самое разумное - это Format C: /s с последующей установкой винды.
