[Randomize]

Для этих целей подойдёт VirtualDub.
Идёшь в звуковые параметры, там будут две(или более) дорожки, одну выключаешь и сохраняешь свой видео файл без процесинга.
После этого конвертишь любым конвертером.

Ап.
Заходишь в меню Streams, далее в Stream list. Тут ты щелкаешь два раза на той дороже которая тебе не надо, затем выходишь из этого окна. Теперь заходишь в меню Video и ставишь точечку напротив Direct Stream Copy. Затем идешь в меню File и делаешь Save as/ Это все. Для того чтоб сохранить дорожку отдельно от видео, заходишь в меню Streams, далее в Stream list. Тут ты выделяеь нужную дорожку одним щелчком и в этом же окне жмешь Save wav. Если дорожка mp3. просто измени в сохраненном файле расширение на mp3. Также и с AC3. А далее делай с ними что хочешь.