У меня что-то подобное с флешкой фотоаппарата было. Плохо работала на моем катридере, встроенном в комп. Решил форматнуть в винде, благо, что система там FAT32. Форматнул, флешка перестала читаться аппаратом. Форматнул аппаратом - всё заработало.
И оказалось, что катридер в компе хреновый, просто.
Может, и у вас такое?