Пока нашел неочень красивое, но всетаки решение этой проблемы: перед переключением анимации, сначала восстанавливается первый кадр текущей анимации
Select AnimSeq(mesh)
Case 0
Animate mesh, 1, 1, 0
Animate mesh, 1, 1, 1
Case 1
Animate mesh, 1, 1, 1
Animate mesh, 1, 1, 2
Case 2
Animate mesh, 1, 1, 2
Animate mesh, 1, 1, 0
End Select
ну и можно еще с транзишном попробовать (4-й параметр)