Ну значит словил
ХОРОШИЙ глюк
В папке с проектом юнити создается *.sln файл, который можно студией открыть если уш так не получается
После добавления скриптов, в контекстном меню окна Project есть пункт Sync To VisualStudio. Жмешь его и переходишь в студию. Структура проекта обновится.