Да, костями самое простое, их можно вращать, масштабировать и смещать без проблем.
Матрицы трансформаций на прямую для многих задач в юнити не используются. Они имеют обертку в виде Transform. У Transform есть два матричный поля, с помощью которых можно выполнят трансформации в локальные и глобальные координаты.
В общем матрица 4х4 элемента представляет собой матрицу трансформаций вращения позиции и масштаба. Каждый элемент матрицы может вычисляться по спец формулам. Суммарные трансформации получаются путем умножения матриц.
например матрица смещения:
[ 1 0 0 0 ]
[ 0 1 0 0 ]
[ 0 0 1 0 ]
[ X Y Z 1 ]
матрица масштабирования
[ X 0 0 0 ]
[ 0 Y 0 0 ]
[ 0 0 Z 0 ]
[ 0 0 0 1 ]
матрица поворота вокруг оси x:
[ 1 0 0 0 ]
[ 0 cos α sin α 0 ]
[ 0 -sin α cos α 0 ]
[ 0 0 0 1 ]
матрица поворота вокруг оси y:
[ cos α 0 -sin α 0 ]
[ 0 1 0 0 ]
[ sin α 0 cos α 0 ]
[ 0 0 0 1 ]
матрица поворота вокруг оси z:
[ cos α sin α 0 0 ]
[-sin α cos α 0 0 ]
[ 0 0 1 0 ]
[ 0 0 0 1 ]
и т.д.
Все формулы создания таких матриц наверняка есть уже в классе матриц юнити. Так что помнить их не нужно.
Вот ссылка на википедию