[pax]

1. C бинарными файлами работать можно через классы System.IO. Справка по ним тут: http://msdn.microsoft.com/ru-ru/library/system.io.aspx
   Пример подключения классов из этого пространства имен здесь: http://www.unifycommunity.com/wiki/i..._Load_from_XML правда для сохранения текста, но это одно и тоже. Эти классы не работают в WebPlayer. В нем работа с файлами запрещена.
2. Самый простой способ - создать в ассетах RenderTexture. Создать камеру, камере указать в качестве цели текстуру. Программный способ приведен Taugeshtu, за что ему спасибо. Скажу что камеру включать для функции Render не надо. Цель визуализации так же можно указать как RenderTexture.active.
3. Если это объекты Unity (унаследованные от UnityEngine.Object), то удалять их надо когда они не нужны функцией Destroy(). Если это другие классы, то сборщик мусора сам позаботится об их удалении. Структуры и ValueType'ы (int, float, Vector3, Rect, Quaternion) удаляются при выходе из области видимости (хотя для js по моему для них конструктор не нужен). Все Object'ы удаляются при загрузке новой сцены, если им принудительно не сказали не уничтожаться.