[Taugeshtu]

Instantiate всегда возвращает GameObject (который частный случай Object)
Правильно:

GameObject clone;

+

clone.rigidbody.velocity

Вообще с gameObject в общем случае удобнее работать, применение конкретно отдельных полей (transform, position, rigidbody) может быть оправданно только в узких задачах когда лень писать многозначительные "крюки" .rigidbody.

Если из Instantiate надо вытащить сразу какую-то компоненту:

clone = Instantiate(projectile, transform.position, transform.rotation).rigidbody;