Протормозил.

using UnityEngine;
using System.Collections;
public class TestScript : MonoBehaviour {
private bool _debug = true;
private Color _first_Mat;
private GameObject _my_Object;
void Start()
{
_my_Object = GameObject.FindWithTag("MyTag"); //Находим свой обьект по тегу
_first_Mat = _my_Object.renderer.material.color; //Запоминаем какой на нем изначально цвет
}
void Update()
{
if (Input.GetMouseButtonUp(0))
{
Ray ray = Camera.main.ScreenPointToRay(Input.mousePosition); //получим координаты мышки
RaycastHit hit; //Объявим структуру, из которой будем брать данные
if (Physics.Raycast(ray, out hit, 10000)) //возвращает true если сталкивается с чем либо
{
if (hit.collider.gameObject.tag == "MyTag") // Разрешаем помечать объекты только с этим тегом
hit.collider.gameObject.renderer.material.color = Color.green; //выделяем цветом объект, по колайдеру которого мы попали
}
}
if (Input.GetKey(KeyCode.W))
{
Debug.Log("Upps");
_my_Object.renderer.material.color = _first_Mat; // По нажатию на W возвращаем начальный цвет
}
}
}
Мы же поле Color меняли,а не материал.