[moka]

NDK != альтернатива Java. На NDK ты можешь написать API и нужные ресурсы, возможно извратиться и даже логику игры, а лишь на Java обёртку, но это в разы накладнее и практически не реализуемо, т.к. NDK предназначен для разработки твоего API, а не использовании других. Таким образом из Java ты уже пишешь игру/приложение, с доступом в разные API, в том числе и твой, написанный на NDK.
Java - весьма шустрая, и язык весьма прост и понятен.
Есть кстати ещё MonoDroid, но там в производительности большие проблемы имхо. Для игр не годится.

Насчёт маркета, как мне известно не модифицируются, но проверяются. Такого жёсткого контроля как на айфон маркете нету, но проверки есть. Автоматические системы проверят какие API используются приложением, таким образом на маркете, будет указано, что это приложение использует, лезет ли оно в интернет, юзает ли GPS, или лезет в инфу ваших номеров и т.п.
Если приложение в топах, то вирусом ну просто не может быть.
Если приложение в "Just In", то там обязательно быстро кто-то да скачает, и можно посмотреть комменты и т.п. Также рейтинг.
Приложения быстро валидят, так что долго там хлам не держится.

Достойные приложения, держатся на достойных топах.

Уже более года с Android'ом, пора новый девайс по мощнее брать, но был всю дорогу доволен, никаких проблем не возникало. Качал как с маркета (в основном) так и с сайтов которые сами распространяют.
О вирусах вообще не слыхал ни разу.