нотч не настолько ещё говнокодер чтобы такие массивы создавать.
у него мир из чанков 256х16х16
пруф:
http://www.minecraftwiki.net/wiki/Chunks
в кадре чанков тоже не тысяча, к тому же даже нет резона хранить уникальные свойства всех кубиков всех чанков в кадре, это нужно только рядом с игроками и редстоун механизмами, остальное можно просто рендерить цельными мешами и не задаваться другими вопросами.