Ну у тебя же должны кубы ставиться по двум координатам:
Dim box(20,20)
For x= 1 To 10
For y= 1 To 10
box(x,y)=CreateCube()
ScaleEntity box(x,y),2,2,.2
PositionEntity box(x,y),xf#,yf#, 0
EntityColor box(x,y),Rnd(0,255),255,255
yf#=yf#+4
Next
xf#=xf#+4
Next
Кстати почему массив на 400 элементов, а расставляются только 100? Не вижу логики :D