[YellowAfterlife]

Сделал пример шести-угольной изометрии (javascript, "онлайн" демка):
http://www.yellow.indieis.me/html5/iso6sided/
Исходный код там же. Демонстрирует определение координат, рисование, и выбор ячейки мышкой.

По-сути, шестиугольная изометрия является сеткой прямоугольников, где каждый второй ряд смещен на половину ячейки вправо. Если "наклон" на ячейках состовляет несколько пикселей, то можно даже не мучаться с определением точки внутри шестиугольника и просто делать выбор "по сетке".

Наиболее интересная часть начинается когда нужно делать нахождение пути по такой шестиугольной карте - реализация алгоритма (лучше всего модифицировать существующий A*) требует перемещения по ячейкам в 6 направлениях, для примера (смещения) это:

+1, 0
+1, -1
0, -1
-1, 0
0, +1
+1, +1

Надеюсь JavaScript достаточно хорошо выступает в роли концепции\псевдокода в данном случае)