В документации заметил небольшую ошибку.
http://unity3d.com/support/documenta...Hierarchy.html
Лучше это делать так:
createdGO.hideFlags |= HideFlags.HideInHierarchy;
createdGO.hideFlags &= ~HideFlags.HideInHierarchy;
А то потом нельзя будет вручную удалить объект из иерархии.
Не знаю можно ли им об этом как-то написать.