[bugway]

Вот и нашел решение (слишком быстро, чем ожидал):

надо вместо контейнера FRAME использовать GRAPHIC со стилем окна %WS_CLIPCHILDREN, а дочерний элемент тоже использовать GRAPHIC. Тогда мелькания не будет. У главного окна тоже должен быть стиль %WS_CLIPCHILDREN.