[pax]

ScriptableObject с сохранением в ассеты, либо делай свою сериализацию с поддержкой ссылок. Мы кстати тестировали сцену с большим количеством перекрестных ссылок - делали карту двухмерную, в каждом тайле добавляли ссылку на соседние тайлы (хотели сделать граф для поиска путей). так вот сцена сохранялась, а при открытии Unity падало. Поддержка сказала, что это известный баг, но второстепенный, поэтому не знаю, исправили ли его...