[moka]

Посмотри как приложение работает на уровне кода с разными девайсами. Не всегда есть прямой доступ к девайсу, просто используя путь, иногда это более сложный процесс на уровне кода. Система также должна иметь некий механизм оповещаний и т.п.
Например у тебя приложение открыло файл на флешке, а закрывает (в коде) не совсем корректно - следственно из системы lock не освобождается.
Архивация - процесс не простой с параллельным чтением / записью в разные файлы, а когда это ещё и происходит на внешний носитель, там больше процессов. Следственно лучше делать сперва на жёсткий, а затем уже копировать.
Часто бывало так, что жал архив сразу на флешку, в итоге он битым был. А если жать сперва на комп потом копировать на флешку - всё ок.

Думаю тут никакой зависимости в проводе нету, и скорость на это не повлияет. Провод логически не вносит никакой разницы, и системе реально пофиг как ты подключаешь девайс.
Важно что Plug and Play - тема хоть и хорошая, и даже на уровне пользования подключённый диск как локальный, но технически всё различается и это вносит разницу в логику системы обработки операций с файлами и т.п.