[pax]

Mono поддерживает, но оно не применимо к объектам Unity. Ни одной ссылки на ресурсы в рантайме сохранить если явно не знать как получить объект из ресурса. К тому же как сохранять и восстанавливать компоненты, которые добавляются через AddComponent() и GetComponent()? Так что только вручную и с помощью своего менеджера ресурсов, "знающего" как воссоздать тот или иной объект (хранящий пути для Resource.Load или непосредственно ссылки на объекты) и "знающий", какой объект как создан (т.е. вероятнее всего придется либо создавать все объекты и через этот менеджер, либо на объекты вешать специальный компонент, содержащий информацию для сериализации).