Короче задача в момент выстрела или в момент попадания определить в какой Box попал.
Попробуй почитать мой тутор про змейку. Там есть поедание еды через столкновение. Я думаю тебе похожий способ подойдет. Если определить можно в момент выстрела, то здесь поможет Raycast.