Свойство mesh и material создают новые экземпляры объектов, которые можно менять в рантайме, но обычно это делают над объектами сцены. Для получения ресурсов без ущерба для префаба используй следующее:
using UnityEngine;
using System.Collections;
public class LOD : MonoBehaviour {
public GameObject prefabHiPoly, prefabMidPoly, prefabLowPoly;
void Start ()
{
GetComponent<MeshFilter>().sharedMesh = prefabHiPoly.GetComponent<MeshFilter>().sharedMesh;
GetComponent<Renderer>().sharedMaterial = prefabHiPoly.GetComponent<Renderer>().sharedMaterial;
}