ClearWorld удаляет все ранее созданные entity - кубы которые ты создал до начала цикла тоже удалятся. Его надо ставить перед созданием новых сфер
UpdateWorld и RenderWorld лучше перед флипом воткнуть. Кусок кода с циклом:
While Not KeyDown(1)
ClearWorld
For x=e1 To m1
For y=e2 To m2
For z=e3 To m3
s = CreateSphere(20)
PositionEntity s,x*2, y*2, z*2
EntityColor s, Rnd(255),Rnd(255),Rnd(255)
Next
Next
Next
e1=e1+1
m1=m1+1
e2=e2+1
m2=m2+1
e3=e3-1
m3=m3-1
UpdateWorld
RenderWorld
Flip
Wend