[EvilOkta]

можно и по значению, т.е. в папки "тектуры" подпапки: GUI, Items, Enemy, FX и в том же духе. Уровней вложенности можно будет делать сколько необходимо и как сказали выше ты будешь знать что текстура лежит в папке с текстурами, но не в общей куче, а в том подразделе где ее логично искать.

для расширяемого проекта удобно организовывать расширяемые структуры, на основе баз данных или таблиц соответствия. Т.е предположим новая карта для игры это определенная структура из файлов и папок - текстур, моделей, звуков и т д. Плюс к этому скрипт-функция которая будет подхватывать в проекте такие структуры.
как то так..

я начинающий програмист, поэтому вышесказанное исключительно ИМХО